2006年，应沈抚经济技术开发区发展对兵器类人才的需求，沈阳理工大学应用技术学院筹建了能源工程系。2007年9月1日正式招收第一届弹药工程与爆炸技术专业本科学生，同年，特种能源与烟火技术试办专业获省教育厅批准招生。2008年，特种能源与烟火技术专业首次招生，安全工程试办专业获省教育厅批准招生。2009年，安全工程专业首次招生，省教育厅批准环境工程专业恢复招生（学校原有环境工程专业，后停办，故申请恢复招生），同年，弹药工程与爆炸技术专业通过了省教育厅试办专业评估。2010年，环境工程专业恢复招生，同年，特种能源与烟火技术专业通过了省教育厅的试办专业评估。2011年安全工程专业通过了省教育厅的试办专业评估。
2012年沈阳农业大学科学技术学院校区搬迁与沈阳理工大学应用技术学院合并办学，并于2013年两所学校改名为沈阳工学院，与此同时，原沈阳农业大学科学技术学院水利水电工程专业、农业水利工程专业与沈阳理工大学应用技术学院能源工程系5个专业合并成立能源与水利学院。同年，环境工程专业通过了省教育厅的试办专业评估。
随着社会需求和经济的发展，土木行业于2014年掀起发展高潮，学院于2015年、2016年、2017年依次成功申请测绘工程、道路桥梁与渡河工程及城市地下空间工程3个专业，并均于次年开始招生。期间，因学校学科调整，环境工程专业调入生命工程学院，停招农业水利工程专业。随着土木行业的发展及传统专业升级转型的需求，学院于2020年成功申请智能建造专业。至2020年，学院拥有弹药工程与爆炸技术、特种能源技术与工程、安全工程、水利水电工程、测绘工程、道路桥梁与渡河工程、城市地下空间工程、智能建造8个本科专业，按兵器类和水利土木类两大专业群进行发展。
